Magnus’s Død satte imidlertid ei Sverrer i rolig Besiddelse af Norges Throne. Han maatte under sin hele Regjering kjæmpe deels med fiendtlige Partier, der stedse fandt Tilhold i Danmark og hos den urolige søndenfjeldske Almue, deels med den overmodige Geistlighed. Denne havde nogen Tid tilforn faaet et mægtigt Overhoved i Erkebiskoppen i Nidaros. Denne Erkebispestol saavelsom Hamars Bispesæde stiftedes 1152. Den første Erkebiskop hedte Jon Birgerssøn, og hans Efterfølger Eystein, en Mand af høi Byrd og store Evner, havde saaledes forøget Geistlighedens, Indflydelse, at den blev farlig for Kongemagten. Det var den samme Eystein, som lod bygge Throndhjems berømte Domkirke. Med hans Eftermand Eirik havde Sverrer en heftig Strid, der endte med, at Erkebiskoppen maatte forlade Landet.
Den farligste blandt Kongens Modstandere var imidlertid Nicolaus Arnason, Biskop i Oslo, en ærgjerrig, urolig og troløs Mand, der misbrugte sine store Evner til 25at vedligeholde de ødelæggende Borgerkrige. Han stod i Forbindelse med den landflygtige Erkebisp Eirik og var den egentlige Stifter af det farlige Baglerparti. Ingensinde kom Sverrer i større Forlegenhed, og ingensinde viste hans sjeldne Evner sig i et mere glimrende Lys. Paven satte ham i Band; Baglerne bemægtigede sig den største Deel af Landet; Birkebeinerne bleve slagne i flere Træfninger, og i Viken udbrød en farlig Opstand, fordi han havde paalagt en ny Skat. Sverrer bygger i en Hast en Flaade, slaaer de overmodige Bagler ved Tauterø i Throndhjemsfjorden, dæmper Opstanden i Viken og tvinger den anseelige Baglerhøvding Hreidar Sendemand til at overgive sig paa Borgen ved Tunsberg. Svækket ved den sidste Krigs Anstrengelser, endte Sverrer kort efter, den 9de Marts 1202 sit daadrige Liv i Bergen.
Under denne Konge antages det mærkværdige Skrift Kongespeilet at være forfattet, hvori Nogle mene, at Sverrer selv har havt Deel. Kort før hans Regjering forfattede en Munk i Nidaros, Thjodrek, en kort norsk Historie i det latinske Sprog. Til sin egen Historie eller Saga, som den islandske Abed Carl Jonsson begyndte, har Kong Sverrer meddeelt Bidrag. Omtrent i Sverrers Tid synes Lagmandsværdigheden at være opkommen i Norge.