Ved siden af adelen indtog den katholske geistlighed den første plads i samfundet. Denne stand bestod af biskoper og prester samt de talrige klostres beboere. Geistligheden styrede sig selv, uafhængig af den verdslige magt; den havde sine egne love og sine egne domstole. De geistlige var de eneste som sad inde med større boglig lærdom. Af videnskab og kunst var der lidet i disse vilde, krigerske aarhundreder; hvad der fandtes, havde søgt tilflugt bag klostrenes mure; mangt et verk fra oldtiden er os levnet gjennem afskrifter af flittige munke. Lidet blev forøvrigt skrevet, og det som skreves, var mest paa latin.
Kirkens lære.
Mange misbrug gik i svang inden middelalderens kirke, og kirkens oprindelige lære blev meget forandret. Af særlig betydning blev den vegt man tillagde de saakaldte «gode gjerninger». Ved at bede, give almisser, skjænke gaver til kirker og klostre, ved at gjøre valfarter til hellige steder, faste og pine sig selv mente man at kunne vinde sin sjæls salighed, selv om disse handlinger skede uden den rette anger og tro. Der lærtes at efter døden kom sjælen i skjærsilden, hvor den en tid skulde pines og renses. Denne pinetid kunde forkortes ved at presten i kirken læste bestemte bønner (sjælemesser) for den afdøde. Det blev derfor almindeligt at skjænke gods til kirken, forat den skulde læse sjælemesser, og herved erhvervede kirken sig umaadelige rigdomme, især af jordgods.' Mennesker som i særlig grad havde udmerket sig ved fromhed og ved at arbeide for kirken, især de som havde sat livet til for dennes skyld, blev efter sin død regnet for helgener. Det blev en eneret for paven at bestemme at en skulde betragtes som helgen (kanoniseres). Helgenerne indtog, mente man, en meget indflydelsesrig stilling hos Gud. Helgenernes arme, ben o. l. (relikvier) holdtes i stor ære; alle kappedes om at skaffe sig saadanne.
Pavedømmet.
Allerede paa keiser Konstantins tid (side 48) havde der udviklet sig en egen geistlig stand af prester 62og biskoper (klerus eller kleresi) med de 5 patriarker i spidsen. Ved muhammedanismens udbredelse var det gaaet tilbage med den asiatiske og afrikanske kirke, idet kristendommen her mere og mere maatte give plads for islam. Patriarkerne i Rom og Konstantinopel fik derfor størst betydning; det lykkedes dem at blive anerkjendt som kirkens øverste styrere, den første i Vesten, den anden i Østen. Men mellem dem indbyrdes var der stadig uenighed, og i 1054 kom det til endeligt brud (det store kirkelige schisma). De satte hverandre gjensidig i ban, d. v. s. udstødte hverandre af det kristne samfund. Saaledes blev den katholske eller almindelige kirke delt i to, den romersk katholske og den græsk katholske.
Paverne grundede sin magt paa Frelserens ord til apostelen Peter: «Du er klippen; paa dig vil jeg bygge min menighed.» Ved disse ord skulde Peter efter pavernes mening være indsat som hele kirkens overhoved. Videre paastod de, at Peter havde været den første biskop i Rom, samt at hans stilling som kirkens overhoved var gaaet i arv til Roms biskoper eller paverne. Folkene var fra oldtiden af vante til at modtage befalinger fra Rom; det faldt derfor ikke saa vanskeligt for paven at blive anerkjendt som styrer af hele den vesteuropæiske kirke. Men hermed var han ikke fornøiet; han vilde ogsaa have verdslig magt, og krævede at keisere og konger skulde anerkjende ham som overherre. Han paaberaabte sig, at det var paven som havde indsat Karl den store til keiser, ligesom det ogsaa var paven som senere (962) gjorde Tysklands mægtige kong Otto I og dennes efterfølgere til keisere; følgelig maatte paven være høiere end keiseren; ja, paven var Guds stedfortræder paa jorden og stod som saadan over alle andre mennesker. Pave Gregor 7 pleiede at udtrykke sig saaledes: «Pavemagten er som solen; keiserens magt som maanen; ligesom maanen modtager sit lys fra solen, saaledes modtager keiser og konger sin magt fra paven; men han modtager den fra Gud.»
Men det varede længe før paven fik sat disse sine krav igjennem. Til en begyndelse var paven endog afhængig af 63den verdslige magt, idet keiseren og de mægtige romerske adelsætter som oftest afgjorde pavevalget. Endnu større var den indflydelse fyrsterne havde ved valget af biskoper. Biskoperne var nemlig som regel tillige verdslige vasaller, og det var blevet skik at kongerne indsatte biskoperne i deres embede ved at overrække dem ring og stav, som var tegn paa deres biskopelige værdighed; denne overrækning kaldtes investitúr, det er «iklædning». Kirken var ofte lidet tjent med den slags biskoper, da fyrsterne lagde hovedvegten paa at faa paalidelige mænd og gode krigere til biskoper; allerværst var det at fyrsterne ofte solgte bispeembederne for penge (simoní).